對于進行生產加工的用戶來說，需要明確一點，那就是設計和施工必須經濟有效。

在潔凈室內建造十分完善的系統，可以充分保證生產加工過程中的潔凈度。任何設計標準的變化，必將對潔凈室的質量產生特殊效果。以下這十五個因素將決定一個潔凈室在施工方面的費用。這項花費可能在每平方英尺180美元到2,800美元之間（要看是不是包括工具以及裝配和工藝設備的費用）。
愛斯基摩人能夠用很多的詞匯來描繪雪，而我們的工業對于潔凈室只有一個單詞和明確的價格來說明它。我們常常發現，客戶會支付很高的設計費用，為了一個超出其工藝要求的潔凈室而支付無謂的費用。
潔凈室的設計和施工通常是在非常緊張的時間限定下完成的，可供選擇、改變、和其他可行性改進的機會很少。因此，鼓勵使用“標準件復制”（cookie-cutter repeats）來避免新設計方法中的潛在風險。這些標準的潔凈室設計方案可能會減輕設計者的任務，但不會改進項目的經濟性或者降低施工成本。因為每個潔凈室所要求的條件在一些細微的方面都是不同的，若不是所進行的設計/施工模型完全相同，那么采用標準的潔凈室設計方案是無效的。
除非業主對于一個特殊的設計模型十分有信心，通常工程師都被要求設計一個比客戶預期更加嚴格的潔凈室，這樣即使在某些方面出了差錯，他們至少仍能夠達到設定的預期目的。過多的設計預算可能會浪費**，但是當實際需求的預算還沒有評估出來之前，這樣做是必須的。潔凈室花費的增加與設計和施工專家、潔凈室開發人和業主三者之間的相互信任成反比。

項目負責
工具、動力供應與生產設備的有效連接；維修區域、管槽、走廊、暖通、動力專業設備間和動力站的位置等問題的合理安排，這些是潔凈室設計經濟性的主要方面。在項目剛剛開始時就應該考慮到這些因素，并通過由建筑師、工程師、承包商和業主組成的團隊進行評估。這樣才能確保所有參與者十分了解用戶的生產目標和要求，這點是一個設計/施工項目在經濟性方面取得成功的關鍵。